Daugiausia tapė portretus – Lietuvos aukštuomenės ir kitų iškilių asmenų: dvarininkų, universiteto profesorių, gydytojų, Vilniaus inteligentų, autoportretus.
Jo kūriniai eksponuojami Lietuvos dailės muziejuje, Lietuvos nacionalinisame muziejuje, Nacionaliniame M. K. Čiurlionio dailės muziejuje, Lietuvos mokslų akademijos Vrublevskių bibliotekoje, Varšuvos ir Krokuvos nacionaliniuose muziejuose, Baltarusijos dailės muziejuje, Ukrainos dailės muziejuje.
Jonas Rustemas buvo Vilniaus universiteto Piešimo ir tapybos katedros (1797–1832) dėstytojas. Nuo 1811 m. profesorius, nuo 1819 m. katedros vadovas.
Dailininko J. Rustemas palaidotas bažnyčios (šiuo metų sugriuvusios) rūsyje. Kapavietę ženklina betono obeliskas su metaline viršūne pastatytas 1974 m. (architektas Viktoras Kunickas).
Bažnyčios rūsys uždengtas stogu.
