Pirmąją medinę bažnyčią Babtuose 1672 m. pastatė dvarininkas, Žemaičių ir Babtų seniūnas Viktoras Konstantinas Mlečka. Bažnyčia 1715 m. perstatyta nuo pamatų.
1853 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. 1860 m. pašventinta.
Mišios vyksta: II-V 18 val., VI pagal susitarimą, VII – 10 val.
