Sužionių medinė koplyčia minima 1744 metais. 1782 m. Tyzenhauzai pardavė Sužionis Benediktui Karpiui. 1782 m. esama aprašymų kaip atrodė bažnyčia. Karpių šeimos lėšomis 1795 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia ir klebonija kurios didžiausiu fundatoriumi minimas Jonas Karpis. Sužionių dvaro savininkas Jonas Tiškevičius ją 1856 m. atnaujino, taip pat pakvetė kleboną Mykolą Sienevičių. Manoma, kad Sužionių gyventojai 1863 m. dalyvavo sukilime, pralaimėjus, caro valdžia bažnyčią 1866 m. uždarė. Sužionių apylinkių tikintieji 1878 m. prašė grąžinti uždarytą bažnyčią ir leisti joje laikyti pamaldas. Bažnyčią valdžia grąžino su sąlyga, kad Sužionyse bus tik lietuviškos pamaldos. Kunigas Karolis Obolevičius, nors formaliai laikė lietuviškas pamaldas, bet tikinčiųjų neišmokė melstis ir giedoti lietuvių kalba.
1905 m. Sužionių bažnyčia tapo parapijinė į Sužionis paskirtas kunigas Pranciškus Raštutis pamokslus pradėjo sakyti lietuviškai. Į Sužionis paskirtas kunigas A. Raupelis lietuviškų pamaldų nelaikė.
